Desarrollo histórico (1791-1821)
Claustro de Consiliarios del 14 de marzo de 1816
Presidido por el rector para establecer la cátedra de Instituta de Leyes, se dio a conocer el oficio que sobre la materia contestó el día de ayer el vicepatrono real, quien manifestó que no sólo concede la licencia de la fundación de la cátedra, sino que también felicita al Claustro por el celo que manifiesta en cumplir con lo dispuesto por su majestad en la Real Cédula de Fundación. Se mandó fijar los edictos convocatorios para proveer por oposición la nueva cátedra.
Se vio otro oficio del Ilustre Ayuntamiento en el que se participa haber acordado hacer recibimiento al excelentísimo general, por lo mismo el Claustro es invitado para que acuda a Palacio, lo cual se acordó con la mayor satisfacción. Lo anterior daba la impresión de que se estaba solemnizando una gran victoria militar, cuando en realidad lo que sucedió fue que una epidemia diezmó a los defensores de Mezcala, y optaron por firmar una capitulación con honor. La cual incluía una capellanía para el padre Marcos Castellanos y el gobierno de la isla de Mezcala para José Santana.
Se dio cuenta de los oficios del maestro en Artes Santos Vélez y del bachiller y cura de Zapopan Juan Cayetano Gómez y Portugal, ambos beneficiados con licenciatura por las oraciones pronunciadas en los funerales del rector fundador, comunicando que dedicaban al mismo Claustro sus funciones, eligiéndolo por mecenas, lo cual se aceptó.
Del 11 de enero al 4 de mayo de 1817, el general José de la Cruz acudió al llamado del virrey Juan Ruiz de Apodaca, por lo que dejó el Gobierno de la Nueva Galicia al brigadier Pedro Celestino Negrete.