Desarrollo histórico (1791-1821)
Claustro de Consiliarios del 24 de noviembre de 1803
Presidido por el rector y con la asistencia de seis consiliarios, para proveer la cátedra de Teología del ilustrísimo Melchor Cano y tras haberse concluido el término de los edictos convocatorios, se presentaron: los doctores fray José Mestres, Francisco Severo Maldonado, José Cesáreo de la Rosa, Francisco Dávalos, Augusto Iriarte, el licenciado Pedro Vélez y los bachilleres Roque Torrescano y Felipe Chavarino. Se separaron los oficios para el obispo y los vocales de la Junta, para que el día 29 iniciaran a ejercitarse los opositores.
El 22 de septiembre de 1804, salió de Guadalajara el mariscal de campo Fernando Abascal y Souza al ser promovido al Virreinato de Buenos Aires. Quedó como presidente de la Real Audiencia de Guadalajara y en consecuencia asumió el título de vicepatrono real de la Universidad el brigadier Roque Abarca, quien tomó posesión de su cargo el 2 de mayo de 1805.