Desarrollo histórico (1791-1821)
Claustro de Doctores del 13 de enero de 1811
Se instruyó al señor rector que los señores doctores Huerta y Cerviño, habiendo cumplido con la comisión, le habían informado que el licenciado Avendaño después de haberse extrañado mucho por la negativa, había concluido diciendo que daría cuenta a su jefe –Hidalgo– quien creía estar enterado de que no le faltaban a la Universidad y a los miembros de su Claustro recursos para saldar las actuales urgencias. Y que temeroso de que se hiciera alguna presión violenta con todo el Claustro, había citado nuevamente a los expresados doctores, para que convencieran al comisionado insurgente de que efectivamente no había sobrante alguno en el arca, y que sólo había un capital de cuatro mil pesos que se habían cobrado, pertenecientes a una obra pía para volverlos a imponer, que no obstante los ofrecían.
Y que en cuanto al donativo particular, volvería a reunir al Claustro, durante el cual habiendo escuchado la relación de su señoría, convinieron todos en la entrega del capital propuesto y pasando luego al donativo particular, hicieron sus contribuciones parciales sumando 365 pesos, mandando que recaudados éstos por el secretario, y los 4,000 pesos referidos fueran entregados al comisionado, recogiendo recibo suyo.
El 17 de enero de 1811, en la batalla de Puente de Calderón, fueron derrotados los insurgentes por las tropas del general Félix María Calleja del Rey. El 19 Hidalgo evacuó Guadalajara, y el 21 se restauró el régimen real. Calleja repuso la Real Audiencia con el oidor decano Antonio Villa Urrutia como presidente, e integró una Junta de Seguridad para juzgar y sentenciar los delitos de infidencia, y una Junta de Requisición de Bienes de Europeos.