Desarrollo histórico (1791-1821)
Claustro de Doctores del 6 de diciembre de 1815
Presentó su renuncia a la cátedra de Melchor Cano el doctor fray José Mestres, en virtud de haber sido nombrado como uno de los cuatro asistentes de su Orden que componen la Congregación Generalicia. Por lo que se acordó nombrar provisionalmente a un bachiller para que atendiera la cátedra.
El 20 de diciembre de 1815, el doctor y maestro José Cesáreo de la Rosa, quien había viajado a España en su calidad de diputado a Cortes por Zacatecas, logró que se expidiera la real cédula que aprobaba definitivamente las constituciones de la Real Universidad de Guadalajara, sin embargo, por los trámites finales no llegaron a Guadalajara sino hasta 1817.
El año concluyó con la consolidación del régimen monárquico, ya que el 22 de diciembre fue fusilado en San Cristóbal Ecatepec el cura José María Morelos y Pavón. Por lo que prácticamente quedaba reducido el movimiento insurgente a unas cuantas guerrillas en el sur de la Nueva España y a la resistencia en la isla de Mezcala, en el lago de Chapala.
El 30 de enero de 1816 se le dio posesión de la cátedra de Cirugía al doctor José María Ilisaliturri.