Desarrollo histórico (1847-1853)[^1]
El inicio de la coexistencia Universidad-Instituto
La Universidad fue despojada de sus históricas instalaciones del edificio del antiguo Colegio de Santo Tomás, y pasó a las del Colegio de San Juan Bautista, aunque continuó con la posesión tanto de la iglesia como de la Capilla de Nuestra Señora de Loreto y de algunas piezas de la planta baja del edificio, las cuales se arrendaban a particulares.
La presidencia de la Junta Directora de Estudios del Estado de Jalisco y del Instituto de Ciencias se le encomendó al canónigo José Luis Verdía, quien muy pronto la dejó sustituyéndole el licenciado Jesús López Portillo.