Los universitarios entre el Instituto y la Universidad
Liberales y conservadores de relieve nacional
El ámbito religioso nacional recibió muy significativamente el impulso de los egresados universitarios. Así, el doctor Juan Cayetano Gómez-Portugal y Solís fue obispo de Michoacán y se le designó primer cardenal mexicano, aunque nunca recibió su nombramiento por haber fallecido antes; el doctor Pedro Barajas y Moreno fue el primer obispo de San Luis Potosí; el doctor Rafael Sabás Camacho y García fue el introductor del canto gregoriano en México y obispo de Querétaro, y la misma sede episcopal ocupó también su hermano Ramón; el doctor Carlos María Colina y Rubio fue obispo de Chiapas y de Puebla de los Ángeles, y se le designó nuncio apostólico en El Salvador; el doctor Ignacio Mateo Guerra y Alba fue el primer obispo de Zacatecas, y fue sucedido por su medio hermano José María del Refugio; el licenciado Francisco Melitón Vargas y Gutiérrez fundó el Obispado de Colima y falleció como obispo de Puebla de los Ángeles; el doctor Francisco de Paula Verea y González fue obispo de Linares y de Puebla y el doctor Germán Ascención Villalvazo y Rodríguez ciñó la Mitra de Chiapas.
Ideológicamente, militaron en el conservadurismo –aunque con diferentes matices– los citados obispos, el canónigo Mariano Guerra y González, los abogados Crispiniano del Castillo Cortés, Teodosio Lares y José Hilarión Romero Gil; y los médicos Pablo Gutiérrez Morán y Leonardo Oliva de Álzaga. Fueron liberales el canónigo José Luis Verdía Bravo, el doctor Agustín Rivera y Sanromán, los abogados Luis de la Rosa Oteiza e Ignacio Luis Vallarta y Ogazón, los literatos Pablo de Jesús Villaseñor, Miguel Cruz-Aedo y Ortega, Ireneo Paz Flores y José María Vigil; los doctores Ignacio Herrera y Cairo y Fortunato G. Arce Rubio. Adoptaron el liberalismo moderado el abogado Mariano Otero y Mestas y el teólogo Mariano González, quien contó con la gran estima del general Jesús González Ortega, su antiguo discípulo.
Por su gran influjo entre los miembros de estas generaciones universitarias, destacó la personalidad de fray Manuel de San Juan Crisóstomo Nájera y Paulé, que lo mismo impartió clases de idiomas a los canónigos de la Catedral, que a los jóvenes y futuros liberales connotados.
Las siguientes biografías presentan más en detalle las acciones de los universitarios que se formaron entre el Instituto de Ciencias y la Universidad.