Desarrollo histórico (1791-1821)
Claustro de Consiliarios del 10 de noviembre de 1805
Presidido por el rector y con la asistencia de siete consiliarios. Celebrada la misa del Espíritu Santo en la Capilla de Nuestra Señora de Loreto y trasladados a la sala de Claustros, para no privar al público de las misas dominicales, se procedió a realizar la elección rectoral, se obtuvo la siguiente votación: por el rector actual, siete votos, y uno por el doctor Juan José Moreno, por lo que el reelecto prestó juramento en manos del doctor Juan María Velázquez, por ser el consiliario más antiguo.
Enseguida se eligieron a los nuevos consiliarios: por Teología, José Ángel de la Sierra y Juan José Román; por Cánones, Francisco Antonio de Velasco y Esteban Huerta; por Leyes, Juan María Velázquez y José María Aldama; por Medicina, Pedro Támez; y por Filosofía, Francisco Dávalos. Se citó a los cursantes al día siguiente, para que rindieran juramento al rector y con idéntico fin, un día después, a los doctores, licenciados, maestros y oficiales universitarios.
En tanto en Madrid se daba la aprobación del proyecto de las constituciones de la Universidad, y una vez emitido el dictamen favorable de la Universidad de Salamanca, del Real Consejo de Indias y del fiscal real, el 2 de enero de 1806, el rey Carlos IV las sancionó y nuevamente remitidas al Real Consejo de Indias, para su definitiva aprobación y envío a Guadalajara “fue[ron] guardada[s] o tal vez extraviada[s] en el mare magnum de papeles de aquella institución”.1 Entonces se abrió una nueva y larga espera, para que llegara a Guadalajara la legislación universitaria.
Hacia 1806 fue consultada la Universidad sobre la conveniencia del establecimiento de un Colegio de Propaganda Fide en la villa de Zapopan, a lo que el Claustro contestó favorablemente, pues era una propuesta promovida por su primer rector.
El 7 de septiembre de 1807 falleció el rector de la Universidad, siendo inhumado con las honras fúnebres correspondientes a su alta investidura.