Desarrollo histórico (1834-1847) [^1]
Claustro de Consiliarios del 17 de agosto de 1844
Presidido por el rector y con la asistencia de cinco doctores. Se dio licencia para vacaciones a los señores Díaz y Camarena. El rector dio a conocer una disposición de la secretaría de la Junta General de Estudios, ordenando que las vacaciones serían del 19 de noviembre al 2 de enero, a lo cual el Claustro Pleno respondió que estando ya los cursantes en vacaciones no era posible acceder al cambio, además se daban varios inconvenientes especialmente en la cátedra de Anatomía, porque se perdería el tiempo más apropiado para las disecciones anatómicas, que por el clima no podían verificarse sin grave peligro para los estudiantes, sino hasta febrero, así se acordó contestar el oficio.
La Universidad se debatió por esos meses entre las asonadas y los pronunciamientos militares, entrando en franca decadencia: “De admirar es que haya podido subsistir desafiando a tantos elementos contrarios, que constantemente tramaron contra su existencia”. 1
En agosto de 1844, el presidente de la república Antonio López de Santa Anna, impuso a Jalisco una contribución extraordinaria por 150,000 pesos, provocando enorme malestar, el cual sería capitalizado por el general Mariano Paredes Arrillaga. Y a finales de año, las tropas gobiernistas fueron rumbo a Guadalajara a someter a los rebeldes.
El 21 de enero de 1845 se celebró en la Catedral una solemne acción de gracias por el triunfo del movimiento que encabezaba el general Mariano Paredes Arrillaga, el cual había culminado con la prisión del presidente Antonio López de Santa Anna.