Desarrollo histórico (1791-1821)
Claustro de Doctores del 18 de octubre de 1810
Día de san Lucas e inicio solemne del año escolar, sesionó el Claustro de Doctores bajo la presidencia del rector, para tratar del lugar que se asignaría para las lecturas de las cátedras, ante la ocupación militar de las instalaciones universitarias, se acordó que fuera en el edificio del Clerical, ubicado en el costado norte de la Catedral. Y ante las circunstancias peligrosas que se vivían, se acordó que se hiciese en la Iglesia Mayor de la Universidad una función pública en la que predicarían nueve doctores, avisando al público mediante carteles.
El 4 de noviembre, en la batalla de San Francisco de Zacoalco, los insurgentes al mando del Amo José Antonio Torres derrotaron a las tropas realistas de Tomás Ignacio Villaseñor. Y en dicha batalla “pereció la flor de la juventud guadalajareña”.1
Al saberse la noticia de la derrota, en Guadalajara la Junta Auxiliar de Gobierno se disolvió, y se suspendieron las lecturas de las cátedras universitarias; el presidente de la Real Audiencia Roque Abarca se escondió en San Pedro Tlaquepaque y el obispo Juan Cruz Ruiz de Cabañas junto con la mayoría de los españoles de la ciudad, huyó al puerto de San Blas, y nombró gobernador de la Mitra al doctor José María Gómez y Villaseñor, cancelario de la Universidad.