La organización de la Real Universidad
Facultad de Cánones y Leyes o de Derechos
Se integraba por las cátedras de Derecho Canónico y de Derecho Civil, alternando “los catedráticos las lecturas con academias o conferencias; de modo que el día que es de explicación en una cátedra se dé conferencia en la otra, repasando o repitiendo en la [de] Cánones la academia que se tuvo en la de Leyes, y en ésta la que se ventiló en aquella, siguiendo cada catedrático la lección o explicación respectiva a su Facultad” (C. lix).
De esa forma, se aprovechaban al máximo los exiguos recursos pecuniarios de la Universidad, y quedaba a salvo la disposición de que no se confiriera grado universitario alguno al que no cursara cuando menos dos cátedras. Años más tarde se agregó la cátedra de Instituta de Leyes.
En cuatro años el catedrático de Cánones debería haber formado un curso de Derecho Canónico, llevando como libro de texto las Institutionum Canonicarum de Joannis Devoti, o bien las obras de Mascardo, o de Julio Laurentio Selgavio o de Gravina.
De igual manera, el catedrático de Leyes debería formar en cuatro años el curso de la Instituta –instituciones jurídicas–, basándose en los comentarios de Vinnio, con las anotaciones de Juan Gottlieb, Heineccio o del presbítero Salas o de Antonio Pérez.
Ambos catedráticos, de Cánones y de Leyes, deberían instruir de viva voz a sus estudiantes sobre el Derecho Real de Castilla, de Indias y las reales cédulas. Los estudiantes de ambos Derechos cursarían en cuarto año la cátedra de Disciplina Eclesiástica.
Estas cátedras fueron dotadas por fray Antonio Alcalde con cuatrocientos pesos anuales, y se ganaban por oposición. Además el catedrático de Derecho Civil estaba obligado a fungir como abogado de la Universidad en forma gratuita en todos aquellos negocios y pleitos en que se involucrara la institución. En tanto el de Cánones redactaba todos aquellos oficios, cartas y representaciones que le ordenaran el rector o el Claustro.
La matrícula de 1792 a 1821 fue de 408 cursantes en Cánones, y de 218 en Leyes.1