Junta Directiva de Estudios del Estado de Jalisco (1868-1893)
Instauración del régimen porfirista y sus consecuencias en la enseñanza en Jalisco
Nuevamente los cambios políticos afectaron las labores académicas. Así, para mayo de 1876 fueron removidos de sus cargos docentes en el Instituto de Ciencias los profesores José de Jesús Camarena, Leonardo López Portillo, José María Camarena, Salvador Camarena, Reyes G. Flores, Pablo Valdez, Martín Polanco Reynaga, Antonio Naredo, Bernardo Baz, Carlos Uribe, Jesús López Portillo, Aurelio Hermoso, Manuel Tortolero, Francisco M. Padilla, Salvador Mota Velazco, Miguel Sabás Gutiérrez. Y en el Liceo de Varones renunciaron José A. Brambila, Miguel H. Sánchez y Constantino Longerke.
El 8 de enero de 1877 el Congreso del Estado decretó que en Jalisco se adoptara el Plan de Tuxtepec. Y al día siguiente hizo su entrada triunfal a Guadalajara el general Porfirio Díaz, quien el 5 de mayo inmediato tomó posesión como presidente de la república, instaurándose de esta forma el porfirismo.
A raíz de la restitución de Jesús Leandro Camarena como gobernador constitucional del estado, continuó la remoción de los docentes. En el Instituto de Ciencias se nombraron veintiocho nuevos profesores entre propietarios y sustitutos y veintitrés en el Liceo de Varones, la mayoría de los cuales no tenía experiencia en el ramo educativo, lo que provocó las protestas de los estudiantes.
Para el 21 de enero estalló una huelga estudiantil en la Escuela Médica del Instituto; los estudiantes se quejaban de la incompetencia de los profesores, en consecuencia no entraban a clases, prefiriendo que éstas mejor fueran impartidas por un compañero de clase. Se dice que el gobernador Camarena nombraba a los docentes por simple amiguismo. 1El conflicto quedó solucionado hacia abril, cuando la Junta Directiva de Estudios volvió a proponer las ternas para la designación de los profesores.
El 30 de enero de 1877 el licenciado José de Jesús Camarena Ruiz fue nombrado presidente de la Junta Directiva de Estudios del Estado.